Sekretariát, jehož služby poskytuje evropský inspektor ochrany údajů (EIOÚ), zajišťuje sboru analytickou, administrativní a logistickou podporu.
Tato podpora zahrnuje přípravu stanovisek a organizování zasedání sboru a zajišťování komunikace.
Ačkoliv pracovníky sekretariátu zaměstnává EIOÚ, pracují podle pokynů předsedy sboru.
Podmínky spolupráce mezi sborem a EIOÚ jsou stanoveny v memorandu o porozumění.