Секретариатът на ЕКЗД е със седалище в Брюксел и предлага аналитична, административна и логистична подкрепа на ЕКЗД. Това включва:
- Подготовка, изготвяне, превод и публикуване на становища на ЕКЗД, решения със задължителен характер и други текстове;
- Осигуряване на комуникация с европейските институции и обществеността;
- Предоставяне на ИТ решения за комуникацията между членовете на ЕКЗД;
- Организиране на заседанията на ЕКЗД.
Секретариатът на ЕКЗД се състои от правна служба, комуникационен сектор, ИТ екип и административен екип.
Персоналът в Секретариата е нает от ЕНОЗД и работи съгласно указанията на председателя на ЕКЗД. Условията за сътрудничество между ЕКЗД и ЕНОЗД се определят от Меморандума за разбирателство.

