Sekretariat EDPB ima sedež v Bruslju ter zagotavlja analitično, upravno in logistično podporo za EDPB. Ta vključuje:
- pripravo, sestavljanje, prevajanje in objavo mnenj EDPB, zavezujočih sklepov in drugih besedil;
- zagotavljanje komunikacije z evropskimi institucijami in javnostjo;
- zagotavljanje informacijskih rešitev za komunikacijo med člani EDPB;
- organiziranje sestankov EDPB.
Sekretariat EDPB sestavljajo pravna služba, sektor za komuniciranje, skupina za IT in administrativna skupina.
Osebje v sekretariatu je zaposleno pri EDPS in deluje po navodilih predsednika EDPB. Pogoji sodelovanja med EDPB in EDPS so določeni v Memorandumu o soglasju.