O Secretariado, fornecido pela Autoridade Europeia para a Proteção de Dados (AEPD), oferece apoio analítico, administrativo e logístico ao CEPD.
Este apoio inclui a preparação de pareceres e a organização de reuniões e comunicações do CEPD.
Embora a entidade empregadora dos funcionários do Secretariado seja a AEPD, os funcionários trabalham apenas sob as instruções do Presidente do CEPD.
Os termos da cooperação entre o CEPD e a AEPD são estabelecidos por um Memorando de Entendimento.