Az EDPB Titkársága Brüsszelben található, és elemzési, adminisztratív és logisztikai támogatást nyújt az EDPB részére. Ez magában foglalja:
- Az EDPB véleményeinek, kötelező erejű határozatainak és egyéb szövegeinek előkészítését, megszövegezését, fordítását és közzétételét;
- Az európai intézményekkel és a nyilvánossággal való kommunikáció biztosítását;
- Informatikai megoldások biztosítását az EDPB tagjai közötti kommunikációhoz;
- Az EDPB üléseinek megszervezését.
Az EDPB Titkársága egy jogi szolgálatból, kommunikációs ágazatból, informatikai csoportból és adminisztratív csoportból áll.
A Titkárság személyzetét az EDPS alkalmazza, és az EDPB elnökének utasításai alapján végzik munkájukat. Az EDPB és az EDPS közötti együttműködés feltételeit az egyetértési megállapodás határozza meg.