Секретариатът, който е осигурен от Европейския надзорен орган по защита на данните (ЕНОЗД), предоставя аналитична, административна и логистична подкрепа на ЕКЗД.
Тази подкрепа включва изготвяне на позиции, както и организиране на срещите и комуникацията на ЕКЗД.
Макар че персоналът на секретариата е нает от ЕНОЗД, той работи само по указанията на председателя на ЕКЗД.
Условията на сътрудничество между ЕКЗД и ЕНОЗД са уредени в Меморандума за разбирателство.